Для здійснення завдань Центр постійно співпрацює з такими Департаментами державної податкової адміністрації України:
Підтримуються постійні зв’язки з Міністерством освіти та науки України, з іншими зацікавленими міністерствами та відомствами, з Головдержслужбою, а також з вищими навчальними закладами, в тому числі і закладами системи підвищення кваліфікації.